En France, Eco&Sols est situé à Montpellier sur le campus de La Gaillarde de Montpellier SupAgro, et héberge dans ses bâtiments (12 et 13) la grande majorité des agents de l’UMR.
Les 3 thèmes de recherche de l'UMR Eco&Sols sont largement représentés, ainsi que les axes transversaux.
Une large part des activités de l’implantation de Montpellier porte également sur des observations ou expérimentations conduites en réseau de parcelles d’agriculteurs ou de parcelles forestières dans diverses régions de France, ainsi que sur des essais en station agronomique, notamment l’essai de fertilisation phosphatée de longue durée de l’INRA de Toulouse-Auzeville. Une large partie des essais au champ sont conduits sur les terrains expérimentaux de l’Unité Expérimentale DiaScope de l’INRAe à Mauguio, au Sud de Montpellier, la plateforme DIAMS.
A Montpellier, Eco&Sols est dotée de cinq ateliers techniques qui structurent l’ensemble des activités expérimentales et analytiques de l’implantation de Montpellier, mais aussi de nombreuses analyses pour les diverses implantations du Sud. Une large partie de ces ateliers est incluse dans la plateforme ECOTROP habilitée à importer, analyser et stocker des sols nécessitant une mesure de quarantaine, en particulier les échantillons provenant des pays tropicaux avec lesquels nous avons des partenariats.
Atelier Expérimentation du vivant
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Le périmètre d’action de l’atelier :
- Infrastructures expérimentales en conditions contrôlées (serre et phytotron) faisant parties dans la plateforme CeMEB
- Laboratoires (microbiologie, préparation de milieux)
- « Terrain » pour prélèvements et expérimentations (Montpellier et Sud France).
- Plateforme expérimentale DIAMS sur l’étude des systèmes agroforestiers méditerranéens (UE Diascope INRAE Mauguio).
- Sites instrumentés, missions ponctuelles (implantations Sud de l’UMR).
Les infrastructures et activités principales sont :
La plateforme Ecotrop permet la réception, la préparation, le stockage et la manipulation de sols de pays tiers nécessitant une mesure de quarantaine (niveau L2).
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Un phytotron permettant de réguler les conditions climatiques (T°C, HR%, et la concentration atmosphérique pCO2) en milieu confiné (culture sur sols de quarantaine, niveau de confinement 2) avec une surface de culture de 7 à 9 m². Un laboratoire attenant au phytotron est disponible pour les préparations d’échantillons.
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Une serre climatisée contrôlant la température, l’humidité et photopériode (complément LED) avec une surface utile de tablards de 35 m2 permettant la réalisation de cultures en tubes, en pots en hydro-aéroponie et rhizoboxs. Cette serre fait partie du réseau des Serres Expérimentales de Montpellier (RéSEM).
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Des laboratoires
Microbiologie
- Culture (milieu gélosé ou liquide) et entretien de collections de bactéries fixatrices d'azote, de bactéries solubilisatrices de phosphore et de champignons ectomycorhiziens
- Isolement de souches natives, nodules et champignons.
Analyses morphométriques de racines
- Digitalisation des
relevés en rhizotrons et traitement informatique.
- Scan et analyse d’images (logiciel WinRhizo).
Préparation / conditionnement des échantillons (sols et végétaux)
- Lavage (racines), séchage, broyage, tamisage, lyophilisation, pesées…
- Une pièce de stockage végétaux
- Une chambre froide pour le stockage des sols
- Une Mycothèque (essentiellement ecto.)
- Un atelier Techniques - Mesures Physiques pour le développement, la réalisation et l’installation de dispositifs in situ (mise en place de l’instrumentation / missions sur les implantations de l’UMR)
- Autres équipements
- Hottes à flux laminaire
- Incubateur orbital
- Autoclave
- Etuves
- Macro- et micro-électrodes pour mesure de pH
- Analyseurs de gaz CO2
- Broyeur de végétaux et de sols (broyeur à billes, à couteaux et à billes)
- Imprimante 3D
- Osmomètre
- Scanner foliaire
Animateurs Alain Rocheteau / Maxime Duthoit / Carlos Trives Ségura
Atelier L2-PC
L2 - BioSolTrop
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Cet atelier en milieu confiné de niveau 2 est dédié à l’étude de la matière organique, notamment par spectrométrie dans le proche (NIRS) et le moyen infrarouge (MIRS) et/ou fractionnement granulo-densimétrique. Les activités biologiques du sol sont caractérisées par des mesures de biomasses et activités microbiennes. Enfin, un élutriateur permet l’extraction des nématodes du sol en vue de leur détermination et quantification.
L'atelier a obtenu l’accréditation pour la manipulation de sols importés de pays tiers en 2008. Cette accréditation concerne surtout les sols tropicaux.
Cet atelier comprend deux pédothèques dont une en milieu confiné de niveau 2.
Equipement
- Broyeur planétaire monoposte
- CHNS
- TOC/TN soluble
- Spectromètres NIRS, MIRS
- Micro-catharomètre
- Etuves
- Elutriateur
Compétences
- Analyses de C, N et S par CHNS (sols et végétaux) et TOC/TN (solutions)
- Fractionnement granulométrique de la matière organique
- Analyses spectroscopiques IR (NIRS et MIRS)
- Analyses de C, N et P de la biomasse microbienne
Animatrices Gabrielle Daudin / Aline Personne
Physico-Chimie
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Cet atelier est consacré à l’analyse quantitative d’éléments minéraux, notamment N et P, et de composés organiques dans les sols, végétaux et solutions. Les méthodes mises en oeuvre vont de la minéralisation par micro-ondes aux analyses colorimétriques en UV/visible ainsi qu’aux analyses chromatographiques en phases liquide (HPLC-HPIC).
Equipement
- Flux continu Skalar mesure de N minéral : Ammonium (NH4), Nitrate-Nitrite (NO3-NO2)
- HPLC (détecteurs UV et Fluorimétrique)
- HPIC (détecteur conductimétrique)
- Minéralisateur micro-ondes
Mesures
- Dosage de N minéral
- Dosage de P total dans le sol et les végétaux
- Dosage de P disponible dans le sol (méthode Olsen)
- Dosage de P organique dans le sol
- Analyse des acides organiques (carboxyliques)
- Dosage d'ergostérol
- Analyse des tanins dans les végétaux
- Analyse biochimique des résidus végétaux (Van Soest)
Animatrices Gabrielle Daudin / Aline Personne
Atelier Biochimie - MicMac
Biochimie
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Cet atelier développe des techniques et méthodes de différents domaines de la biochimie sur des biomolécules, notamment des protéines et des enzymes. Cet atelier, de niveau de confinement 2, est adapté à l’étude de protéines à risques comme par exemple le prion ou le virus de la grippe aviaire. Ce confinement permet également d’envisager l’élargissement des travaux à d’autres biomolécules.
Equipement
- Lecteurs de microplaques (absorbance et fluorescence)
- Spectroscope Infra Rouge
- PSM
- Incubateur orbital
- Thermocycleur à lames
- Matériel pour électrophorèse
- Chromatographe liquide
- Appareil à Diffusion Dynamique de la Lumière (DDL)
Compétences
- Production, extraction et analyses de protéines
- Microrespiration (MicroRespTM)
- Microbiologie
- Chromatographie
- Localisation d’expression de gènes
- Histologie moléculaire (hybridation in situ et RT-PCR in situ
Mic-Mac
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(en construction)
Animatrice Laurie Amenc
Atelier Biologie moléculaire
Cet atelier met en œuvre et développe des techniques moléculaires dédiées à la caractérisation de la diversité génétique et fonctionnelle des communautés microbiennes des sols. La démarche scientifique a pour but, la compréhension des processus et des interactions biologiques impliqués dans les cycles du carbone et des nutriments majeurs N et P.
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Equipement
- Q PCR biorad CFX 96
- Thermocycleurs
- Broyeur Fastprep
- MinION, QuBIT
- Congélateur -80°C
- Incubateur réfrigéré
Compétences
- Quantification des gènes impliqués dans les cycles du C, N et P, phylla bactériens
- Analyse quantitative moléculaire du taux de colonisation des racines par des champignons
- Analyse quantitative des taux de colonisation des racines par les champignons mycorhiziens à arbuscules
- Caractérisation de la diversité microbienne par DGGE
- Approches de barcoding, métagénomique, séquençage génome
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Transcriptomique bactéries et plantes
Animateur Damien Dezette