En France, Eco&Sols est situé à Montpellier sur le campus de La Gaillarde de Montpellier SupAgro, et héberge dans ses bâtiments (12 et 13) la grande majorité des agents de l’UMR.
Les 3 thèmes de recherche de l'UMR Eco&Sols sont largement représentés, ainsi que les 3 axes transversaux.
Comparativement aux implantations dans les pays du Sud, l’implantation de Montpellier met largement en oeuvre des expérimentations en conditions contrôlées, incubation de sols, cultures de plantes et élevages de macrofaune dans divers types de mésocosmes, en serre ou en chambre de culture plus ou moins confinées.
Une large partie des essais au champ sont conduits sur les terrains expérimentaux de l’Unité Expérimentale DiaScope de l’INRA à Mauguio, au Sud de Montpellier, notamment sur le Plateau OC (Organic/Conventional) dont 10 ha ont été convertis en agriculture bioloqique depuis 2008, ainsi qu’au travers d'un Dispositif Instrumenté pour l’Agroforesterie Méditerranéenne sous contrainte hydrique en cours d'installation.
Une large part des activités de l’implantation de Montpellier porte également sur des observations ou expérimentations conduites en réseau de parcelles d’agriculteurs ou de parcelles forestières dans diverses régions de France, ainsi que sur des essais en station agronomique, notamment l’essai de fertilisation phosphatée de longue durée de l’INRA de Toulouse-Auzeville.
A Montpellier, Eco&Sols est dotée de cinq ateliers techniques qui structurent l’ensemble des activités expérimentales et analytiques de l’implantation de Montpellier, mais aussi de nombreuses analyses pour les diverses implantations du Sud. Une large partie de ces ateliers est incluse dans la plateforme ECOTROP habilitée à importer, analyser et stocker des sols nécessitant une mesure de quarantaine, en particulier les échantillons provenant des pays tropicaux avec lesquels nous avons des partenariats.
Atelier Expérimentation du vivant
Cet atelier assure principalement la gestion des équipements et la réalisation de dispositifs expérimentaux de culture en conditions contrôlées (micro- et mésocosmes). Les équipements principaux sont une chambre de culture de surface utile de tablards de 6 m2 et une serre confinée S2 et climatisée, de surface utile de tablards de 18 m2. Le projet EcoTrop qui voit le jour en 2016, permettra d'intégrer une chambre de culture confinée permettant en outre le contrôle de la pCO2 pour simuler le changement climatique. Cet Atelier assure aussi les analyses morphométriques des végétaux, notamment les racines, à l’aide de tables à digitaliser et d’outil d’analyse d’images (WinRhizo), ainsi que les campagnes d’expérimentation de terrain autour de Montpellier et dans le Sud de la France.
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Equipement
- Phytotrons et Armoire Phytotronique Facis
- Serre confinée S2
- Laboratoire de microbiologie pasteurienne (préparation d'inocula)
- Hottes à flux laminaire
- Incubateurs
- Autoclaves
- Tubes minirhizotrons, scanner et Logiciel WinRhizo
- Macro- et micro-électrodes pour mesure de pH
- Licor (analyses CO2)
- Broyeur de végétaux et de sols (broyeur à billes, à couteaux et à billes)
Compétences
- Mesures de pH
- Mesures de CO2 in situ
- Suivi des dynamiques racinaires en tube minirhizotron et en rhizotron
- Cultures microbiennes (bactéries fixatrices d'azote et solubilisatrices de phosphore, champignons mycorhiziens sur milieu de culture gélosé ou liquide)
Animateur Gérard Souche
Atelier BioSolTrop
Cet atelier en milieu confiné de niveau 2 est dédié à l’étude de la matière organique, notamment par spectrométrie dans le proche (NIRS) et le moyen infrarouge (MIRS) et/ou fractionnement granulo-densimétrique. Les activités biologiques du sol sont caractérisées par des mesures de biomasses et activités microbiennes. Enfin, un élutriateur permet l’extraction des nématodes du sol en vue de leur détermination et quantification.
L'atelier a obtenu l’accréditation pour la manipulation de sols importés de pays tiers en 2008. Cette accréditation concerne surtout les sols tropicaux.
Cet atelier comprend deux pédothèques dont une en milieu confiné de niveau 2.
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Equipement
- Broyeur planétaire monoposte
- CHNS
- TOC/TN soluble
- Spectromètres NIRS, MIRS
- Micro-catharomètre
- Etuves
- Elutriateur
Compétences
- Analyses de C, N et S par CHNS (sols et végétaux) et TOC/TN (solutions)
- Fractionnement granulométrique de la matière organique
- Analyses spectroscopiques IR (NIRS et MIRS)
- Analyses de C, N et P de la biomasse microbienne
Animateur Jean Larvy Delarivière
Atelier Biochimie
Cet atelier développe des techniques et méthodes de différents domaines de la biochimie sur des biomolécules, notamment des protéines et des enzymes. Cet atelier, de niveau de confinement 2, est adapté à l’étude de protéines à risques comme par exemple le prion ou le virus de la grippe aviaire. Ce confinement permet également d’envisager l’élargissement des travaux à d’autres biomolécules.
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Equipement
- Lecteurs de microplaques (absorbance et fluorescence)
- Spectroscope Infra Rouge
- PSM
- Incubateur orbital
- Thermocycleur à lames
- Matériel pour électrophorèse
- Chromatographe liquide
- Appareil à Diffusion Dynamique de la Lumière (DDL)
Compétences
- Production, extraction et analyses de protéines
- Microrespiration (MicroRespTM)
- Microbiologie
- Chromatographie
- Localisation d’expression de gènes
- Histologie moléculaire (hybridation in situ et RT-PCR in situ)
Animateur Josiane Abadie
Atelier Biologie moléculaire
Cet atelier met en œuvre et développe des techniques moléculaires dédiées à la caractérisation de la diversité génétique et fonctionnelle des communautés microbiennes des sols. La démarche scientifique a pour but, la compréhension des processus et des interactions biologiques impliqués dans les cycles du carbone et des nutriments majeurs N et P.
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Equipement
- Q PCR biorad CFX 96
- Thermocycleurs
- Broyeur Fastprep
- DGGE
- Congélateur -80°C
- Incubateur réfrigéré
Compétences
- Quantification des gènes impliqués dans les cycles du C, N et P, phylla bactériens
- Analyse quantitative moléculaire du taux de colonisation des racines par des champignons
- Analyse quantitative des taux de colonisation des racines par les champignons mycorhiziens à arbuscules
- Caractérisation de la diversité microbienne par DGGE
Animateur Anne-Laure Pablo
Atelier Physico-chimie
Cet atelier est consacré à l’analyse quantitative d’éléments minéraux, notamment N et P, et de composés organiques dans les sols, végétaux et solutions. Les méthodes mises en oeuvre vont de la minéralisation par micro-ondes aux analyses colorimétriques en UV/visible ainsi qu’aux analyses chromatographiques en phases liquide (HPLC-HPIC).
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Equipement
- Flux continu Skalar mesure de N minéral : Ammonium (NH4), Nitrate-Nitrite (NO3-NO2)
- HPLC (détecteurs UV et Fluorimétrique)
- HPIC (détecteur conductimétrique)
- Minéralisateur micro-ondes
Mesures
- Dosage de N minéral
- Dosage de P total dans le sol et les végétaux
- Dosage de P disponible dans le sol (méthode Olsen)
- Dosage de P organique dans le sol
- Analyse des acides organiques (carboxyliques)
- Dosage d'ergostérol
- Analyse des tanins dans les végétaux
- Analyse biochimique des résidus végétaux (Van Soest)
Animateur Jean-Marc Souquet
Projets menés depuis Montpellier
Partenaires
Académiques : UMR AGAP, AMAP, CEFE, LSTM, SYSTEM et UE DiaScope à Montpellier, UMR AGIR et UE Auzeville à Toulouse, UMR LEM à Lyon, UMR GQE à Versailles
Privés : Elisol, Alcina, Vlahoriz, Agroof
Publications
Betencourt, E., Duputel, M., Colomb, B., Desclaux, D., Hinsinger, P., 2012. Intercropping promotes the ability of durum wheat and chickpea to increase rhizosphere phosphorus availability in a low P soil. Soil Biology and Biochemistry 46, 181-190.
Cambou, A., Cardinael, R., Kouakoua, E., Villeneuve, M., Durand, C., Barthès, B.G., 2016. Prediction of soil organic carbon stock using visible and near infrared reflectance spectroscopy (VNIRS) in the field. Geoderma 261, 151-159.
Cardinael, R., Mao, Z., Prieto, I., Stokes, A., Dupraz, C., Kim, J.-H., Jourdan, C., 2015. Competition with winter crops induces deeper rooting of walnut trees in a Mediterranean alley cropping agroforestry system. Plant and Soil 391, 219-235.
Cardinael, R., Chevallier, T., Barthès, B., Saby, N., Parent, T., Dupraz, C., Bernoux, M., Chenu, C., 2015. Impact of alley cropping agroforestry on stocks, forms and spatial distribution of soil organic carbon - A case study in a Mediterranean context. Geoderma 259-260, 288-299.
Clairotte, M., Grinand, C., Kouakoua, E., Thébault, A., Saby, N., Bernoux, M. and Barthès, B.G., 2016. National calibration of soil organic carbon concentration using diffuse infrared reflectance spectroscopy. Geoderma 276: 41-52.
Coll, P., Le Cadre, E., Blanchart, E., Hinsinger, P., Villenave, C., 2011. Organic viticulture and soil quality: A long-term study in Southern France. Applied Soil Ecology 50, 37-44.
Coulis, M., Bernard, L., Gérard, F., Hinsinger, P., Plassard, C., Villeneuve, M., Blanchart, E., 2014. Endogeic earthworms modify soil phosphorus, plant growth and interactions in a legume–cereal intercrop. Plant and Soil 379, 149-160.
Salome, C., Coll, P., Lardo, E., Villenave, C., Blanchart, E., Hinsinger, P., Marsden, C., Le Cadre, E., 2014. Relevance of use-invariant soil properties to assess soil quality of vulnerable ecosystems: The case of Mediterranean vineyards. Ecological Indicators 43, 83-93.
Staunton, S., Razzouk, R., Abadie, J., Quiquampoix, H., 2012. Water-extractable soil organic matter inhibits phosphatase activity. Soil Biology & Biochemistry 55, 14-16.
Tang, X., Bernard, L., Brauman, A., Daufresne, T., Deleporte, P., Desclaux, D., Souche, G., Placella, S., Hinsinger, P., 2014. Increase in microbial biomass and phosphorus availability in the rhizosphere of intercropped cereal and legumes under field conditions. Soil Biology & Biochemistry 75, 86-93.
Coordonnées et contact
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Campus SupAgro, Batiment 12, 2 Place Viala, F-34060 Montpellier cedex 2 FRANCE
Tel.: +33(0)4 99 61 21 01 / Fax: + 33(0)4 99 61 21 19